ในวิกฤตการณ์การเมืองไทย พ.ศ. 2556–2557 นายเอกนัฏเป็นหนึ่งใน 9 ส.ส.พรรคประชาธิปัตย์ที่ลาออกจากการเป็นสมาชิกพรรคและกรรมการบริหารพรรค และเข้าเป็นหนึ่งในแกนนำ กปปส. (คณะกรรมการประชาชนเพื่อการเปลี่ยนแปลงประเทศไทยให้เป็นประชาธิปไตยที่สมบูรณ์อันมีพระมหากษัตริย์เป็นประมุข) ถือว่าเป็นแกนนำที่มีอายุน้อยที่สุด โดยมีบทบาทเป็นโฆษกของการชุมนุมชี้แจงข่าวสารและทำความเข้าใจในเรื่องต่าง ๆ ต่อสื่อมวลชนเป็นภาษาไทยและภาษาอังกฤษ[7]

ในวันที่ 14 พฤษภาคม พ.ศ. 2557 จากการชุมนุมในครั้งนี้ ศาลอาญาอนุมัติหมายจับแกนนำ กปปส. รวม 43 คน ผู้ต้องหาคดีกบฏ และความผิดอื่น รวม 8 ข้อหา เพื่อติดตามตัวมาดำเนินกระบวนการตามกฎหมาย โดย นายเอกนัฏ เป็นผู้ต้องหาหมายเลขที่ 9[8] [9]

หลังเหตุการณ์ครั้งนี้ นายเอกนัฏได้เข้าอุปสมบทที่วัดชลประทานรังสฤษฎ์ และเข้าจำพรรษาที่วัดป่าอัมพวัน จังหวัดชลบุรี เช่นเดียวกับแกนนำและแนวร่วมคนอื่น ๆ ด้วย [10]